常规操作

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选项

打开,保存图像

ImagePy 支持BMP, JPG, PNG, TIF, GIF五种常规格式,以及Raw原始数据格式,另外可以方便地扩展出dicom等行业内专用格式。
 


可以 File > Open 对话框选择图像,可以在Open Url对话框内输入连接,也可以直接拖动本地图像或网络图像到状态栏上释放。

File > Save 可以保存为ImagePy所支持的格式
注意:JPG是Photoshop常用的数据格式,但是图像分析往往要求精度,而JPG压缩算法会改变图像内容,因而如果是需要后续分析的数据尽可能保存为PNG。

像素操作

ImagePy可以进行亮度,对比度的调整,针对彩色图像可以调整色彩平衡,能够进行图像的加减乘除等常规运算,可以做Garmma矫正。
ImagePy的像素运算主要位于Image > Adjust菜单以及Process > Math 菜单。



假彩色

也称为伪彩,是说给原本灰度信息映射成一组彩色rgb值,类似彩虹的色谱,假彩色并不增加图像的信息量,却可以增强视觉效果。
ImagePy 的假彩色在Image > Lookup Table下,配有常用的红色系,青色系,彩虹系等索引。



滤波器

像素运算是单个像素的映射,而滤波器是临近像素之间的运算,ImagePy支持高斯,均值,拉普拉斯等常见的高通,低通滤波器,可以进行梯度滤波,USM锐化,差分高斯滤波等,也有大量的组合特征算子,如边缘算子,角点算子。

ImagePy中的滤波器分布很分散,经典滤波器集中在 Process > Filters 下,而 Process > Features 下主要是边缘,角点算子 Process > Hydrology 下有等高线,分水岭等基于高程的算法。



选区

选区,也叫ROI,感兴趣区域,主要作用是用来指明要分析,或者进行滤波的区域,滤波器会只作用在roi内部。
 


选区的绘制 选区由工具栏上的一组选区工具创建,以下是ImagePy支持的选区类型展示。



点:单击左键创建,如果要创建多个点,需要按住Shift键。
线段:左键单击创建一个节点,可以连续创建多个,右键结束一条多段线。如果要创建多个,需要按住Shift键。
自由曲线:按住左键绘制,释放结束绘制,如需创建多条,需按住Shift键;
矩形工具:点击,拖动,释放,创建一个矩形区域。
椭圆工具:点击,拖动,释放,创建一个椭圆区域。
多边形工具:类似与线段工具,只是右键结束时自动与起点构成了一个多边形。
自由多边形:点击,拖动,释放,轨迹,自动形成一个多边形。

注:所有点,线工具可以按住Shift来进行叠加,而对于面,可以通过Shift叠加,同时也可以按住ctrl键进行扣除。

选区的运算: 除此之外,选区是可以进行运算的,比如扩张,收缩,凸包等,这些功能集中在Analysis菜单。
 

 
选区管理器 可以用于将选区存入管理器,在合适的时候重新加载,管理器可以实现选区的重复利用,以及在不同图像之间的共享。并且可以实现以与当前选区交集,并集,补集的方式载入。



图像栈

图像栈即具有相同尺寸的一组图像,ImagePy支持序列导入,同时各种处理过程也会自动批量完成。

图像栈导入, File > Import > Image Sequence



图像栈可以以三视图展示,可以添加,删除序列,当完成一个滤波操作,ImagePy会提示你是否将相同的滤波器作用于图像栈的每一层。

注:图像栈分为两种,连续序列和离散序列,他们各有优势,离散序列可以动态随时添加,删除片,而连续序列可以做三视图展示,可以做一些三维分析。

图像栈的保存:Image > Export > Image Sequence

区域分析

区域分析是一个简单但非常有用的功能,利用区域分析,细胞计数,粒径分析等都是基于区域分析的,ImagePy中的区域分析在 Analysis > Region Analysis > Geometry Analysis 中,此目录下还有灰度分析,统计,以及根据指标过滤的功能。



测量与比例尺

其实以上的区域分析的例子,就属于测量功能,此外还有一些图上的交互测量工具,而测量中一个重要的概念就是比例尺,下面分别介绍。

测量工具 ImagePy可以测量点,线,面,角度,具体操作与选区工具类似,左键创建,右键结束,Shift叠加。



值得一提的是,我们现在测量的单位是像素,而怎样才能得到图上实际距离呢?这就需要比例尺的概念,比例尺的计算,需要借助标尺进行,也就是图上标记的已知距离。

设定比例尺 抑制距离图上标记200um,我们用工具测量有36。33个像素,计算合5.95um每像素,然后用Image > Scale And Unit 工具进行比例尺设定。设定好图像下方会出现比例尺信息。
 


比例尺信息设定之后,所有的区域测量,工具测量都会换算成实际距离。

覆盖物与背景

之前我们讨论的内容,没有区分覆盖物,图像,背景,这里补充一下,ImagePy中图像是主体信息,而覆盖物是遮罩在图像上的标记层,用于展示分析结果等信息。而背景类似图层的概念,衬托在图像后面,而任何操作(除了剪切图像)不会影响覆盖物。

此前处理的区域id,测角,测距,其实都是覆盖物,这些覆盖物仅仅用于标记图像信息,并不改变图像,也不影响图像处理结果(ROI不是覆盖物,因为会影响图像处理结果)



背景 一些专业绘图软件都有图层的概念,而ImagePy重点不在于绘图,并不支持多图层,但提供了一个类似的功能,可以设置背景,并且可以选择背景与前景的展示方式。



我们设置纸张为背景,在前景上任意涂抹,之后重新擦掉,就有可以看见前景了,并且可以根据需要设置前景背景的混合方式,也可使适当设置假彩色以达到需要的展示效果。这对于一些不得不手工标记的情况,是非常有效的,ipp,imagej等软件解决手工标记,必须要用roi进行勾绘,结果很难保存,并且出错很难修正。
另外,对于一些分割问题,背景可以让我们直观感受分割结果,同时不改变图像内容。

我们设置纸张为背景,在前景上任意涂抹,之后重新擦掉,就有可以看见前景了,并且可以根据需要设置前景背景的混合方式,也可使适当设置假彩色以达到需要的展示效果。这对于一些不得不手工标记的情况,是非常有效的,ipp,imagej等软件解决手工标记,必须要用roi进行勾绘,结果很难保存,并且出错很难修正。
另外,对于一些分割问题,背景可以让我们直观感受分割结果,同时不改变图像内容。

以上是ImagePy的一个基础操作介绍,希望这篇文档会对读者有一定的帮助,使用过程中遇到的任何疑问,困难欢迎到问答区提问。